Story

コスモ暦20X5年、惑星SR388で捕獲された謎の生命体「メトロイド」を搬送中の調査船が、スペースパイレーツに襲撃された。

他の生物の生体エネルギーを吸い尽くすメトロイドがスペースパイレーツの手に渡れば、兵器として使われる危険がある。

銀河文明壊滅の危機を避けるため、銀河連邦はスペースパイレーツの本拠地「要塞惑星ぜーベス」にバウンティーハンターのサムス・アランを向かわせた。

任務の内容は、ゼーベス内部にある機械生命体「マザーブレイン」を破壊すること。
しかし、サムスにとって、惑星ゼーベスは幼き日々を過ごした第二の故郷。

様々な思いにかられるサムスは、この任務を遂行して無事帰還することが出来るのだろうか・・・。