Story

銀河連邦から未知の生物「メトロイド」を奪った宇宙海賊は、メトロイドが持つ生命体のエネルギーを吸い尽くす能力を利用して、宇宙征服をもくろんでいた。

サムスは、宇宙海賊の野望を阻止するために、宇宙海賊の基地がある惑星ゼーベスに単身乗り込む。